Ben Affleck, Henry Cavill, Amy Adams, Jesse Eisenberg, Diane Lane

Il supereroe alieno Superman ha spaccato l'opinione pubblica globale, tra chi lo teme e chi addirittura lo adora. Tra coloro che lo odiano c'è il miliardario Bruce Wayne di Gotham City, il quale da vent'anni combatte i criminali della sua città con l'alter-ego del misterioso giustiziere "Batman". Bruce considera l'alieno responsabile dell'ecatombe di cittadini di Metropolis, avvenuta 18 mesi prima, durante lo scontro con il generale Zod: infatti, Bruce era presente il giorno della battaglia, cercando di salvare quante più persone possibili (tra cui un suo dipendente, Wallace Keefe, il quale ha perso le gambe nel caos generatosi). Contemporaneamente Superman, sotto l'identità di Clark Kent, giornalista del Daily Planet, è intenzionato a smascherare Batman, in quanto non condivide i suoi metodi da brutale vigilante, nonostante il suo capo, Perry White, gli intimi di lasciar perdere. Anche il nuovo capo della LexCorp, il giovane e mentalmente instabile Lex Luthor, è convinto che l'alieno sia una minaccia per l'umanità. Lex cerca frammenti di kryptonite, una speciale roccia che indebolisce e danneggia i kryptoniani, trovandone il pezzo più grande nell'Oceano Indiano, tra i resti della macchina terraformante di Zod: tutto ciò al fine di uccidere Superman. Lex, tuttavia, viene ostacolato dalla Senatrice June Finch, che vorrebbe processare Superman. Ad ogni modo, Luthor ottiene comunque la kryptonite e il cadavere di Zod (corrompendo un politico vicino alla Finch), al fine di usare il DNA dell'alieno morto per creare un'arma biologica, da utilizzare come deterrente contro Superman...